system
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Erstmal ne kurze Zusammenfassung, der Übersicht halber. Der FF läuft problemlos mit Scriptprüfung, wenn er nicht aus der Sandbox gestartet wird. Aber startet man ihn aus der Sandbox, dann funktioniert er nur mit deaktivierter Scriptprüfung und erzeugt beim nächsten Start ein Problem im Einstellungsbereich. Richtig so?
Wenn ja, dann hört es sich ganz danach an, als ob der FF seine Profildateien und die profile.ini nicht schreiben und lesen kann, wenn er aus der Sandbox ausgeführt wird, weil sie außerhalb der Sandbox liegen.(Das gilt übrigens auch für den Portable FF. Da sind zwar die Profildateien im FF drin, aber nicht die profile.ini. Die wird auch beim Portable im Benutzerkonto von Windows gespeichert. C:\Dokumente und Einstellungen\Benutzer\Anwendungsdaten\Mozilla\Firefox)
Da der FF nicht aus der Sandbox auf diese Dateien zugreifen kann, kommt es beim Aufruf und Schreiben zu Scriptfehlern, die dann die Scriptprüfung auf den Plan rufen. Das mit dem portable FF zu testen, macht dann wenig Sinn, weil er das gleiche Problem hat. Auch wenn es nur mit der profile.ini Datei ist. Eine Virtualisierung mit zBsp. VBox würde da mehr Sinn machen, weil dort sowohl Windows, als auch FF drin laufen und der FF so an seine Dateien kommt. Zudem bietet eine Virtualisierung den gleichen Schutz, wie eine Sandbox. Ist halt etwas globiger, aber auch vielseitiger. 
Das wäre jetzt meine Theorie. Hat jemand ne bessere? ;D