Я программу Скайп и многие другие программы меняю на новые версии не удаляя старые версии.
Скайп меняю прямо при включённой старой версии.Захожу в Скайпе в раздел где надпись Проверить обновления,и прямо при работающем Скайпе обновляю старую на новую версии.И всё прекрасно обновляется ! А все остальные программы я обновляю скачав новую версию программы и запустив установщик программы с правами администратора.И всё прекрасно обновляется.Даже браузер таким способом обновляю(версии).