Wenn ich das richtig verstanden habe, dann wirst du beim Download nicht gefragt wo die Datei gespeichert werden soll, sondern das Programm(also FRST) startet sofort nach dem Download.
Richtig?
Ist das der Fall, dann wurde FRST mit großer Wahrscheinlichkeit in das Temp Verzeichnis von Windows herunter geladen und nicht auf den Desktop. Man müßte also erstmal eine Einstellung(zBSp. im Browser) ändern, damit du das Zielverzeichnis angeben kannst und FRST nicht sofort nach dem Download startet.

Was verwendest du zum downloaden(herunterladen) von Dateien? Direkt den Browser? Wenn ja, welchen Browser?