¿ Y que usas para enviar archivos a las nubes ?

Si tenias el USB conectado al ordenador y estabas haciendo un analisis rapido con Avast!, tiene que haberte dado un reporte del analisis. Si no recibistes una alerta o reporte con lo que paso, siento decirte que Avast! no manda nada a las nubes. Lo unico que puede cambiar algo en tu USB que no sea al proposito es un malware.

Si tienes algun programa como Google drive, SkyDrive, Dropbox o algun otro servico para guardar archivos en las nubes, no creo que lo haga automaticamente sin que tu lo sepas o te pregunte que quieres hacer con los archivos.