こんばんは mits さん
ミラーからの更新がうまくいかない理由は不明ですが、プロキシの設定については、当該コンピュータが所属しているグループの設定を変えることで、グループ所属の全コンピュータに変更を適用することが可能なようです。 なお、10月にEndpoint Protection のアップデートが出ているようですが、そちらは適用されていますか?