Проверка при полностью загруженной ОС может не работать или работать с ошибками, потому что некоторые вирусы прописывают в реестре команды или маскирующие их от антивирусов, или не позволяющие антивирусам сканировать какие-либо области системы. При сканировании при загрузке ОС большинство сервисов не загружено и из реестра не может поступить зловредная команда, поэтому антивирусу ничто не будет мешать проводить сканирование.