Cookieを消すとそれまでの記録や設定が飛ぶというのは、名前が「ウェブ評価」だった頃からですね・・・。 まだ直っていないようです。
ウェブ評価の頃は大した設定もなかったのであまり問題ではありませんでしたが、現在は設定が増えたので問題になりますね。 直されることを期待しましょう。