私の環境でも、ThunderbirdのSSL接続を有効にすると、POP3/IMAPでの受信ができなくなることを確認しました。 Thunderbird側のSSL接続を無効にすると、通常通り受信できるようです。
回避方法は調査中です。何か分かりましたら、また投稿いたします。