Por un momento pense que podria ser el modo reforzado puesto que bloquea archivos o programas de dudosa reputacion.

Como no uso JDownloader no se como trabaja, pero como hablas de enlaces me inmagino que es un nelace a un archivo que estas bajando.

Para no desactivar el Escudo Web completamente puedes probar con lo siguiente pero solo bajo tu responsabilidad.

Abre avast! > Opciones > Proteccion Activa > Escudo Web > Exclusiones > URL a excluir

Solo pon uno de esos enlaces y haces la prueba. Bajalo a una carpeta especial para que puedas analizar esa carpeta antes de ejecutar el programa.

Si estas usando AIS mejor que lo hagas en Sandbox.