A depuração USB é uma função avançada que está desativada por padrão.
Se estiver habilitada, será possível reconfigurar o seu aparelho através da recovery.
Uma lei nos Estados Unidos exige que haja, a partir de agora, uma forma de impedir esta reconfiguração (no caso de aparelhos roubados).
O Anti-Theft, se for instalado no roteado, sobrevive a uma reconfiguração de fábrica.
No entanto, nos aparelhos Android, a partir da recovery, é possível flashear (instalar) uma nova ROM (sistema operacional). Não há software capaz de impedir isto. Precisa ser feito a partir de hardware e isto ainda não está disponível nos Android.
Se o seu aparelho não for roteado, a partir da próxima versão do Android, será possível através de software.
http://www.androidauthority.com/google-kill-switch-next-version-android-395314/