Cuando desinstales un AV siempre usa sus instrucciones y herramienta de desinstalacion. para MSE hay dos versiones. Usa la apropiada:

1.0.1963: http://support.microsoft.com/kb/2435760

2.0.1963: http://support.microsoft.com/kb/2483120

Despues usa mi procedimiento para una instalacion limpia.

CCleaner es bueno para limpiar temps y otras cosas pero usa el mismo desinstalador del producto y nada mas. Yo ni toco lo que es el registro. Asi se tan superficial como el de CCleaner. Solo antes de ayer un usuario aqui en el foro estaba reportando que quito unos registros con CCleaner y ahora el avast! no servia.