A coisa é simples: se o seu computador estiver limpo, desligar o avast! e rodar o combofix não traz problema nenhum.
Se o seu computador está infectado, desligar o avast! não terá, normalmente, mais efeito. Nessa altura, rodando o Combofix irá ajudar a limpá-lo.
Você precisa desativar o hardware (Painel de Controle > Gerenciamento do Computador > Gerenciador de Dispositivos) ou utilizar um firewall.