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Rapidito porque todavia estoy en el trabajo.
Tu no puedes hacer nada puesto la pagina web pertenece a la universidad. Empezando ellos tienen que actualizar su version de Joomla y despues atender ese script detectado por Sucuri y Avast!. Por eso te dije que les dejaras saber que esta pasando y hacer referencia a este topico.
Suerte.