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Si le has cambiado algo al BIOS tomas los apuntes necesarios, pero la mayoria tienen una configuracion general y si eres rapido cambiando la pila no tienes que reconfigurar el BIOS.
De todas maneras, toma las precauciones necesarias y lee las indicaciones a tu respectiva PC que se necesita hacer al cambiar la pila.
http://es.ccm.net/faq/122-placa-madre-cambiar-la-pila-de-la-placa-madre