隔離しておけば動くことはありませんので、どちらでも構いません。

普段、Mac内のXPは殆ど使うことがなく、昨晩のrootkit検知以降はほぼオフライン状態で動かしていたのですが(オンライン状態は数分だったと思います)、Trojan.Agentが潜んでいたということは、何らかの実害が発生してしまっていると考えた方が良いのでしょうか? またMacOSの方への影響というのは考えられるものでしょうか?
パラレルデスクトップとは、こちらの製品でしょうか?

Parallels Desktop 9 for Mac
http://www.parallels.com/jp/products/desktop/

BOOTCAMP等でパーティションを分割してMacとWindowsを使い分けている場合は、最悪の場合、パーティション構成そのものに手を加えられている可能性があります。
ルートキットの中には、自分専用のパーティションを作って、そこに潜む種類のものもありますので。

あくまで仮想マシンとしてWindowsを動かしている場合は、WindowsはMacから隔離された環境にありますので、Mac側に影響はないでしょう。

現状では、検出されたマルウェアがどういった種類のものなのか分かりませんので、具体的な実害の有無については正直何とも言えません。