Странный, вообще-то, вопрос… Начнём с того, что репутация файла не может никак указывать заражён файл или нет. Эта функция служит для предупреждения пользователя: “Будь осторожен”. И всё. Определением заражён файл или нет занимаются экраны и сканирования Аваста.