自動登録のエントリが、短いパス名で行われていませんか?
コマンドラインのプログラムなどはディープスクリーンの除外リストに短いパス名で登録されるようなのですが、これだとうまく除外が効かないようです。
長いパス名で登録すれば正常に除外されますので、そういったプログラムについては手動登録が必要になりそうです。
※何度もスキャンされている場合、除外リスト内に同じエントリが複数入っていることがありますので、邪魔であれば消してしまってください。

ファイルサイズについては、8KBであればおそらく問題ないでしょう。INIの制限は32あるいは64KBだったはずなので。