Теоретически все должно работать, на практике не проверял ;D
Глобальные исключения хранятся в файле C:\ProgramData\AVAST Software\Avast\exclusions.ini (windows 7), отмечаем, что он в кодировке Unicode, значит и записывать в файл нужно в этой же кодировке.
Подготовим временный файл (line.txt), в котором будет храниться текст в кодировке Юникод, который нужно добавить в файл exclusions.ini:
ExcludeFiles=""путь_к_файлу1"; "путь_к_файлу2""
Этот файл перемещаем в папку C:\ProgramData\AVAST Software\Avast (мне почему-то не удалось его переместить с помощью такой команды: copy C:\line.txt C:\ProgramData\AVAST Software\Avast, для теста можно переместить вручную).
Далее переходим в директорию C:\ProgramData\AVAST Software\Avast, копируем содержимое файла exclusions.ini и line.txt во временный файл temp.txt, удаляем оригинальный файл exclusions.ini и переименовываем temp.txt в exclusions.ini.
cd C:\ProgramData\AVAST Software\Avast
copy exclusions.ini + line.txt temp.txt
del exclusions.ini
del line.txt
rename temp.txt exclusions.ini
Все это нужно выполнять при отключенной самозащите антивируса, bat-файл необходимо запускать от имени Администратора. Не факт, что это будет работать. Как проверите, не забудьте отписать 
