CPUサポートビットを変更しながら確認したところ、 を外すことでフリーズすることがなくなりました。
上記の設定が入っていると、セキュアバーチャルマシーンのチェックボックスをオンに しようが。オフにしようがフリーズしてしまうので、ビットが立っていると何かしら 仮想化機能が使えるかを見に行っているように思われます。
Kernel 3.xと4.xで動作が違うのは、4.xで何かしら仕様がわかってしまったことにより 想定外の動作をしていると言った所でしょうか。