CPUサポートビットを変更しながら確認したところ、

を外すことでフリーズすることがなくなりました。

上記の設定が入っていると、セキュアバーチャルマシーンのチェックボックスをオンに
しようが。オフにしようがフリーズしてしまうので、ビットが立っていると何かしら
仮想化機能が使えるかを見に行っているように思われます。

Kernel 3.xと4.xで動作が違うのは、4.xで何かしら仕様がわかってしまったことにより
想定外の動作をしていると言った所でしょうか。