Total Commander оригинальный, с офф. сайта разработчика (он не требует активации для запуска, не нужно ставить левые сборки!)?
Не ясно, кто сообщает о проблеме с HDD. Проверьте диск на наличие ошибок.
А при работе в стандартном проводнике проблемы нет?
