返信、ありがとうございます。
メールシールド以外の設定は維持されていましたので、疑問に思いまして質問させて頂きました。 EmailShield.ini の書式が変わっていますので、書き換えのタイミングで消えてしまったのでしょうか。
更新の時は設定のリセットも注意しておきたいと思います。