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NONさん、ありがとうございます。
サーバー会社とも連絡をとり、可能性のあるファイルを削除など行いました。
現在、同じIPアドレスの別サイトは表示されています。
ttps://xn----s8t548owqd1ogoh561a.com/

ttp://xn–01-eh4am7z5bb8959dk55bjt3b.com/
こちらのサイトは未だにURL:MALの警告が出てサイトが表示されない状況です。
昨日に比べると改善しているため、もう少し様子をみようと思います。