Da ich gestern eh keine Zeit mehr hatte mich um den PC zu kümmern habe ich chkdsk einfach weiterlaufen lassen.
Heute morgen nachgeschaut und siehe da, chkdsk ist durchgelaufen.
Hier der Bereicht

http://abload.de/img/20150607_092945h7phu.jpg

Es wurden defekte Cluster gefunden und wiederhergestellt.

Nach dem anschließenden Neustart bootete Windows wieder einwandfrei. Kann bis jetzt auch keine weiteren Probleme feststellen.