Total Commander оригинальный, с офф. сайта разработчика (он не требует активации для запуска, не нужно ставить левые сборки!)?
Не ясно, кто сообщает о проблеме с HDD. Проверьте диск на наличие ошибок.
А при работе в стандартном проводнике проблемы нет?
Проверьте любой “читалкой” S.M.A.R.T. параметр (С7) Interface CRC Error Count - если он больше нуля и со временем прогрессирует (после каждого пропадания HDD), то в порядке очерёдности:
Переткните заново разъёмы SATA на материнке и второй конец кабеля к диску.
Поменяйте провод SATA (лучше на тот, у которого есть спецификация SATA III)
Замените HDD.
Замените “материнку” - её чипсет или его обвязка помирает.
Если не знаете какой программой воспользоваться, то я советую использовать HD Tune Pro. Можно также заюзать AIDA64 или CrystalDiskInfo